Análise comparativa da ocorrência de epítopos lineares na glicoproteína de lissavírus dos filogrupos I e II

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dc.contributor.advisor-co1COELHO, Taciana Fernandes Souza Barbosa
dc.contributor.advisor-co1latteshttp://lattes.cnpq.br/3736447891320647
dc.contributor.advisor1CARVALHO, Carlos Alberto Marques de
dc.contributor.advisor1latteshttp://lattes.cnpq.br/8700672339331484
dc.creatorLIMA, André Miller Cortêz
dc.creator.latteshttp://lattes.cnpq.br/7130075248783786
dc.creator.orcidhttps://orcid.org/0009-0001-5525-7802
dc.date.accessioned2026-11-06T20:08:50Z
dc.date.available2026-11-06T20:08:50Z
dc.date.issued2026
dc.description.abstractLyssaviruses comprise a group of neurotropic viruses responsible for lethal encephalitis, most notably the rabies virus. The G protein of these viruses plays a central role in infection, being the main target of humoral and cell-mediated adaptive immunity. In this context, the present study aimed to comparatively analyze the occurrence of linear B and CD4+ T cell epitopes in the ectodomain of the G protein of lyssaviruses belonging to phylogroups I (RABV, EBLV-1, EBLV-2, DUVV, and ABLV) and II (LBV and MOKV), using bioinformatics approaches. The amino acid sequences of the G protein were retrieved by conceptual translation from the reference viral genome available in GenBank, processed in SignalP and TMHMM for ectodomain isolation, aligned in Clustal Omega for percentage identity determination, and submitted to EMBOSS Cons for consensus sequence generation. Prediction of CD4+ T cell epitopes was performed based on analysis of binding affinity to HLA-II alleles using NetMHCIIpan with the aid of Epitope-Evaluator, while B cell epitopes were identified from the combination of hydrophilicity, accessibility, and flexibility parameters in NPS@ PCProf, also evaluating the potential masking by N-glycans in NetNGlyc. The results showed amino acid identity of 76.71% to 83.79% in phylogroup I and 82.72% in phylogroup II. A higher density of HLA-II epitopes was observed in phylogroup I (0.22) compared to phylogroup II (0.18). Although the average antigenicity was higher in distinct halves of the G protein ectodomain in each lyssavirus phylogroup, linear B cell epitopes contained in equivalent positions of phylogroups I and II (FKRKHF and TFKRKHFK, respectively) overlapped to peptides commonly bound by the HLA-II DRB1*15:01 allele (TYTNFVGYVTTTFKR, YTNFVGYVTTTFKRK, and TNFVGYVTTTFKRKH) and not masked by N-glycans, suggesting functional relevance in CD4+ T cell-dependent antibody responses. Taken together, these findings contribute to the understanding of antigenic determinants of the G protein and provide support for the development of more comprehensive vaccine and immunoprophylactic strategies against lyssaviruses.
dc.description.affiliationUniversidade do Estado do Pará
dc.description.resumoOs lissavírus constituem um grupo de vírus neurotrópicos responsáveis por encefalite letal, com destaque para o vírus da raiva. A proteína G desses vírus desempenha papel central na infecção, sendo o principal alvo das imunidades adaptativas humoral e mediada por células. Nesse contexto, o presente estudo teve como objetivo analisar comparativamente a ocorrência de epítopos lineares de células B e T CD4+ no ectodomínio da proteína G de lissavírus pertencentes aos filogrupos I (RABV, EBLV-1, EBLV-2, DUVV e ABLV) e II (LBV e MOKV), por meio de abordagens de bioinformática. As sequências aminoacídicas da proteína G foram obtidas por tradução conceitual a partir do genoma viral de referência disponível no GenBank, processadas no SignalP e no TMHMM para isolamento do ectodomínio, alinhadas no Clustal Omega para determinação de identidade percentual e submetidas ao EMBOSS Cons para geração de sequências consenso. A predição de epítopos de células T CD4+ foi realizada com base na análise da afinidade de ligação a alelos de HLA-II pelo NetMHCIIpan com auxílio do Epitope-Evaluator, enquanto epítopos de células B foram identificados a partir da combinação de parâmetros de hidroficilidade, acessibilidade e flexibilidade no NPS@ PCProf, avaliando-se também o potencial mascaramento por N-glicanos no NetNGlyc. Os resultados evidenciaram a identidade aminoacídica de 76,71% a 83,79% no filogrupo I e 82,72% no filogrupo II. Observou-se maior densidade de epítopos para HLA-II no filogrupo I (0,22) em relação ao filogrupo II (0,18). Embora a antigenicidade média tenha sido maior em metades distintas do ectodomínio da proteína G em cada filogrupo de lissavírus, epítopos lineares de células B contidos em posições equivalentes dos filogrupos I e II (FKRKHF e TFKRKHFK, respectivamente) se sobrepuseram a peptídeos comumente ligados pelo alelo DRB1*15:01 de HLA-II (TYTNFVGYVTTTFKR, YTNFVGYVTTTFKRK e TNFVGYVTTTFKRKH) e não mascarados por N-glicanos, sugerindo relevância funcional em respostas de anticorpos dependentes de células T CD4+. Em conjunto, esses achados contribuem para a compreensão de determinantes antigênicos da proteína G e fornecem subsídios para o desenvolvimento de estratégias vacinais e imunoprofiláticas mais abrangentes contra lissavírus.
dc.description.sponsorshipUniversidade do Estado do Pará
dc.identifier.citationLIMA, André Miller Cortêz. Análise comparativa da ocorrência de epítopos lineares na glicoproteína de lissavírus dos filogrupos I e II. Orientador: Carlos Alberto Marques de Carvalho. 2026. 45 f. Dissertação ( Mestrado em Biologia Parasitária na Amazônia) - Centro de Ciências Biológicas e da Saúde, Universidade do Estado do Pará, Belém, 2026.
dc.identifier.urihttps://portaldaposgraduacao.uepa.br/handle/riuepa/432
dc.languagePortuguês
dc.publisherUniversidade do Estado do Pará
dc.publisher.countryBrasil
dc.publisher.departmentCentro de Ciências Biológicas e da Saúde
dc.publisher.initialsUEPA
dc.publisher.programPPG-BPA - Programa de Pós-Graduação em Biologia Parasitária na Amazônia
dc.rightsAberto
dc.subjectLissavírus
dc.subjectEpítopos
dc.subjectBiologia computacional
dc.subjectProteínas virais
dc.subjectLyssavirus
dc.subjectEpitopes
dc.subjectComputational biology
dc.subjectViral proteins
dc.subject.cnpqCiências Biológicas
dc.subject.cnpqCiências Biológicas::Microbiologia
dc.subject.cnpqCiências Biológicas::Microbiologia::Biologia e Fisiologia dos Microorganismos
dc.subject.linhadepesquisaPPG-BPA - Morfofisiologia e genética dos agentes infecciosos, parasitários e vetores de endemias na Amazônia
dc.titleAnálise comparativa da ocorrência de epítopos lineares na glicoproteína de lissavírus dos filogrupos I e II
dc.title.alternativeComparative analysis of the occurrence of linear epitopes in the glycoprotein of lyssaviruses from phylogroups I and II
dc.typeDissertação

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